Потому что в натуральном ванилине есть еще куча всего - кваякол, фенолы, ваниллиловый спирт и т.п., и мы ощущаем смесь запаха этих веществ, центральный - ванилин. В случае чистого ванилина - мы нюхаем просто ванилин.
Эти запахи не только для Вас различны, они для всех различны.