Белок можно пощупать и узнать конформацию, но вариантов конформаций экспоненциально много. Он как то выбирает одну, хотя перебрать все не может за время жизни вселенной. Как он это делает?

Не надо опровергать 123456-ю теорию. Отвергаем множество теорий.
10¹⁰⁰~=2³³².
Разбиваем все концепции на множество с одним богом и с несколькими. Половину отбросили. И так далее. Заметьте, не одну теорию, а половину.