Это действительно очень практичный способ отделить модифицированную бактерию от немодифицированной.

Ген устойчивости конечно может попасть в болезнетворную бактерию. Но

во-первых, при модификации достаточно использовать те антибиотики, которые уже не имеют значения для медицины.

во-вторых, проблема не столько в наличии генов резистентности, сколько в отборе. По сути, гены резистентности в природе были всегда (так же как и антибиотики) но их владельцы только в современных условиях начали получать преимущество при размножении.